Žemės ūkio ministro Kazio Starkevičiaus 2010 m. rugsėjo 17 d. įsakymu 3D-831 patvirtinta Lietuvos žuvininkystės kontrolės programa. Programa parengta vadovaujantis ES Tarybos reglamentu, kuris nustato Bendrijos finansines priemones, skirtas bendrajai žuvininkystės politikai ir jūrų teisei įgyvendinti. Žuvininkystės kontrolės sistema Lietuvoje Programą koordinuoja Žemės ūkio ministerija (toliau – Ministerija). Programą įgyvendina ir administruoja Žuvininkystės tarnyba prie Lietuvos žemės ūkio ministerijos (toliau – ŽT). Programa finansuojama iš Europos Sąjungos (toliau – ES) finansinės paramos ir Lietuvos biudžeto lėšų. Ministerijai pavestos ES bendrosios žuvininkystės politikos įgyvendinimo bei žuvų išteklių išsaugojimo ir jų kontrolės funkcijos jūrų vandenyse, taigi vienas iš svarbiausių Žuvininkystės tarnybos uždavinių yra vykdyti žuvininkystės kontrolę jūrų vandenyse. Žuvininkystės stebėseną ir kontrolę vykdo ŽT Žvejybos Baltijos jūroje kontrolės skyrius bei Žvejybos stebėsenos ir kontrolės skyrius (ŽSKS). Žvejybos Baltijos jūroje kontrolės skyrius kontroliuoja verslinę žvejybą reglamentuojančių ES ir nacionalinių teisės aktų laikymąsi žvejybos laivuose, žvejojančiuose Baltijos jūros Lietuvos teritoriniuose vandenyse, išskirtinėje ekonominėje zonoje, taip pat žuvininkystės produktų iškrovimą, perkrovimą ir pirminį pardavimą Klaipėdos valstybiniame jūrų uoste ir kitose žuvų iškrovimo bei pardavimo vietose. ŽSKS prižiūri, kaip Lietuvoje įgyvendinami ES bendrosios žuvininkystės politikos reikalavimai žuvininkystės kontrolės srityje, taip pat stebi, ar žuvų ištekliai naudojami, remiantis reglamentuojančiais ES bei nacionaliniais Lietuvos teisės aktais. ŽSKS žvejybos laivuose, žvejojančiuose tolimuosiuose žvejybos rajonuose, atlieka Lietuvos žvejybos laivų veiklos stebėseną, valdo ir naudoja integruotą žuvininkystės duomenų informacinę sistemą, kurioje kaupia, analizuoja ir tikrina duomenis apie žvejybą. Šiuos darbus ŽSKS atlieka, naudodamas palydovinio ryšio žvejybos laivų stebėjimo sistemą. Vykdydama žuvininkystės stebėseną ir kontrolę, ŽT bendradarbiauja su Lietuvos kariuomenės karinėmis jūrų pajėgomis, Valstybės sienos apsaugos tarnyba prie LR vidaus reikalų ministerijos, Valstybine mokesčių inspekcija prie LR Finansų ministerijos, LR valstybine maisto ir veterinarijos tarnyba, Europos Komisija, kitų ES valstybių narių, tarptautinių regioninių žvejybos organizacijų bei trečiųjų šalių žuvininkystės kontrolės institucijomis. Programos tikslas ir uždaviniai Programos tikslas – užtikrinti Lietuvos žvejybos kontrolės sistemos efektyvumą ir ES bendrosios žuvininkystės politikos taisyklių laikymąsi. Siekiant užsibrėžto tikslo, numatyta stiprinti Lietuvos žuvininkystės stebėsenos ir kontrolės sistemą bei tobulinti Žuvininkystės tarnybos specialistų administracinius gebėjimus. Siekdama užsibrėžto tikslo, Žuvininkystės tarnyba glaudžiau bendradarbiaus su kitų ES valstybių žuvininkystės kontrolės institucijomis, taip pat rengs seminarus žvejams bei institucijų, dalyvaujančių vykdant žuvininkystės kontrolę, darbuotojams. Jiems taip pat bus organizuojamos mainų programos bei specialūs mokymai. Vienas iš Bendrosios žuvininkystės politikos įpareigojimų – sukurti kontrolės ir vykdymo užtikrinimo sistemą, pagrįstą duomenų apie žvejybos veiklą registravimą ir perdavimą elektroniniu būdu. Pagal Bendrijos teisės reikalavimus žvejybos laivo kapitonas privalo registruoti su žvejybos veikla susijusią informaciją elektroninėmis priemonėmis, o valstybės narės privalo sukurti būtinas administracines ir technines struktūras, kuriomis jos gali gauti, tvarkyti ir kryžmiškai patikrinti su šia veikla susijusią informaciją. Elektroninių žurnalų sistema turi būti integruota ir suderinta su jau esančiomis ŽT informacinėmis sistemomis (Lietuvoje – IŽDIS). Žvejybos veiklos informacijos pateikimas elektroniniu būdu suteikia galimybes vykdyti stebėjimo kontrolės ir priežiūros operacijas jūroje ir sausumoje, apimant iškrautus, perkrautus žuvininkystės produktų kiekius.
