Pagal dabar galiojančią tvarką, ekologinės gamybos kontrolę ūkyje bei sertifikavimo darbus pagal Ekologinio žemės ūkio taisyklių reikalavimus vykdo VšĮ „Ekoagros”, įsteigta Žemės ūkio ministerijos kartu su Sveikatos apsaugos ministerija 1997 m. Įstaiga atlieka ekologiškų ir išskirtinės kokybės žemės ūkio ir maisto produktų sertifikavimą ir, siekiant užtikrinti ekologiškų produktų atitikimą Europos Sąjungos teisės aktų reikalavimams, vykdo ekologinės gamybos ūkio subjektų kontrolę bei atlieka patikras. Dažniausiai ekologinės gamybos ūkiuose nusižengiama, kai auginama vienoda produkcija ekologinės gamybos, pereinamojo laikotarpio laukuose, apsauginėse juostose ir įprastinėje ūkio dalyje – tokiu atveju produktai gali būti realizuojami tik kaip įprastiniai. Kartais pasitaiko, kad ekologinės gamybos ūkininkai ūkiuose naudoja sintetines trąšas, pesticidus ar beicuotą sėklą. Vis tik pastarieji nusižengimai yra gana reti, 2009 metais jų užfiksuota vos 7 kartus. Kai po kasmetinių ar papildomų tikrinimų randamas neleistinų ekologinėje gamyboje medžiagų panaudojimas (pvz., sintetinių trąšų), desertifikuojama ta ūkio dalis, kurioje panaudotos neleistinos ekologinėje gamyboje medžiagos. Nors nusižengimai ekologinės gamybos ūkiuose randami nedažnai, vis tik galimi pažeidimai kelia susirūpinimą žemės ūkiui ministrui Kaziui Starkevičiui. „Visa ekologiška produkcija turi atitikti aukščiausius kokybės standartus”, – teigia ministras K. Starkevičius, Žemės ūkio ministerijos pareigūnams pavedęs peržiūrėti VšĮ „Ekoagros” taikomus kontrolės mechanizmus, įvertinant visus galimus rizikos faktorius, bei, esant būtinybei, juos sugriežtinti. Ministras taip pat kreipėsi į Nacionalinę mokėjimo agentūrą, prašydamas peržiūrėti paramos ekologiniam ūkininkavimui skyrimo tvarką ir, esant būtinybei, ją patobulinti. „Nors mūsų ekologiška produkcija atitinka aukščiausius kokybės standartus, bet net ir pasitaikantys vienetiniai nusižengimai verčia mus užbėgti už akių ir imtis atitinkamų priemonių, kaip dar griežčiau bei veiksmingiau galėtume užtikrinti ekologinės gamybos ūkių kontrolę Lietuvoje. Vartotoją turi pasiekti išimtinai tik aukščiausius kokybės standartus atitinkanti ekologiška produkcija”, – teigia ministras K. Starkevičius.
