Seimo Antikorupcijos komisijos pirmininkui Vitalijui Gailiui viešai paskelbus, kad Lukiškių kalėjimo iškeldinimo pirmojo etapo konkursas buvo blogai organizuotas ir galėjo vykti neskaidriai, teisingumo ministras Juozas Bernatonis kreipėsi į Valstybės kontrolę ir Viešųjų pirkimų tarnybą, kad būtų atliktas projekto valstybinis auditas ir pirkimų patikrinimas.
„Tokiu pareiškimu politikas viešai metė įtarimų šešėlį ant Kalėjimų departamento pareigūnų. Kaip teisingumo ministras, atsakingas už visą Kalėjimų departamento sistemą, negaliu taikstytis su tokia situacija. Tikiuosi, kad atsakingos institucijos artimiausiu metu pateiks savo išvadas, kurios parodys tikrąją situaciją. Jeigu paaiškės, kad būta neskaidrumo, imsiuos principingų veiksmų“, – sako teisingumo ministras Juozas Bernatonis.
Kalėjimų departamento viešojo pirkimo komisija (VPK) nustatė, kad pirkimo dalyviai pasiūlė kainas, kurios daugiau nei du kartus viršijo Vyriausybės 2011 m. gegužės 18 d. nutarimu projektui nustatytą maksimalią 30 mln. eur vertę. Atsižvelgiant į tai, VPK kreipėsi į Viešojo ir privataus sektorių partnerystės projektų komisiją dėl tolesnio projekto įgyvendinimo eigos. 2015 m. spalio 5 d. Viešojo ir privataus sektorių partnerystės projektų komisija nepritarė tolimesnei šio projekto įgyvendinimo eigai. 2015 m. spalio 13 d. minėto viešojo pirkimo procedūros buvo užbaigtos.